خالص‌سازی و تعیین ترادف نوکلئوتیدی ژنوم کامل ویروس موزائیک زرد کدو- جدایه فارس

ویروس موزائیک زرد کدو (Zucchini yellow mosaic virus) ازنمونه‌های کدوی دارای علایم موزائیک، تاولی شدن و بدشکلی برگ و میوه و کاهش رشد از مزارع منطقه کفترک شیراز به کمک آزمون الیزا، جداسازی و یک نمونه به‌عنوان جدایه فارس این ویروس ((ZYMV-F به منظور انجام مراحل بعدی تحقیق بررسی شد. ZYMV-F در شرایط گلخانه در کدو تکثیر و از بافت‌های آلوده برای خالص‌سازی فیزیکی ویروس استفاده شد. از آنتی‌سرمبه‌دست آمده از آموده خالص ویروس، در آزمون‌های سرولوژیکی استفاده شد. با بهره‌گیری از روش به دام اندازی آر اِن اِی پیک و آغازگرهای اختصاصی طراحی شده، واکنش ترانویسی معکوس و زنجیره‌ای پلی‌مراز (RT-PCR) انجام شد و دی اِن اِی‌های تکثیر شده، همسانه‌سازی و تعیین ترادف شدند. با تجمیع ترادف‌های به‌دست آمده، ترادف کامل ژنوم ZYMV-F شامل 9591 نوکلئوتید (رس‌شمار JN183062 در بانک ژن) به‌دست آمد. آنالیزهای فیلوژنتیکی براساس ترادف نوکلئوتیدی و آمینو اسیدی ژنوم کامل و هر کدام از ژن‌ها به‌طور انفرادی نشان داد که ZYMV-F بیشترین شباهت را به جدایه‌های اسرائیل و اسلواکی ZYMV دارد. هم‌چنین بر‌اساس ترادف قسمتی از ژن پروتئین پوششی، مشخص شد که جدایه‌های ویروس در ایران در سطح نوکلئوتیدی و آمینواسیدی شباهت زیادی به هم دارند و جدایه فارس و کرج در یک گروه قرار می‌گیرند. این اولین گزارش از تعیین ترادف کامل ژنوم ZYMV در ایران و دومین گزارش از منطقه خاور میانه و نزدیک است.